Laboratorio di diagnostica fitopatologica

Verranno trattati i concetti sui quali si fonda la diagnosi delle malattie delle piante: saranno illustrati i quadri sintomatologici riferiti a malattie da funghi, batteri, fitoplasmi, virus e viroidi.
Saranno descritte le fasi principali del processo diagnostico: la preparazione della visita specialistica (ricognizione bibliografica preliminare indiziaria); l'affronto del caso; lo studio dell'area nelle sue forme di conduzione; l'anamnesi svolta mediante l'acquisizione di informazioni documentabili e "testimoniali"; il campionamento [scelta del campione significativo: selezione dell'epoca e del tessuto da prelevare, in termini di quantità e tipologia (foglia, radice, etc...)]; la conservazione, il trasporto in laboratorio e il mantenimento dei campioni freschi; la preparazione del campione per analisi di microscopia; selezione del metodo di preparazione opportuno, sulla base dei sintomi osservati e del tipo di patogeno ad essi correlabile, per saggi sierologici (preparazione per saggi ELISA) e/o molecolari (estrazione degli acidi nucleici); i criteri di scelta delle tecniche da impiegare per il rilevamento e l'identificazione del patogeno (argomento discusso ampiamente nel modulo 2); la valutazione e gli indirizzi del percorso analitico; l'interpretazione dei dati e la formulazione del referto diagnostico.
Saranno illustrate le modalità di impiego del referto diagnostico in funzione della legislazione che regolamenta il settore fitosanitario.
Tecniche diagnostiche:
Diagnosi sierologica
Anticorpi policlonali e monoclonali, principali test di laboratorio (ELISA, lateral Flow)
Diagnosi molecolare
isolamento e purificazione di acidi nucleici (i) DNA genomico da cellule batteriche, da micelio fungino, da tessuti vegetali (ii) RNA da tessuti vegetali da cellule batteriche e micelio fungino
ibridazione molecolare ,
Amplificazione genica principi e tecniche (PCR, Hot start PCR, RT-PCR, semi-nested e nested -PCR, Cooperational-PCR, Multiplex-PCR, immunocapture (IC)-PCR), real-time PCR (qualitativa e quantitativa), digital PCR
verifica dell'identità dei prodotti di PCR (RFLP, sequenziamento),
vantaggi e svantaggi della PCR
DNA microarray.
Geni target per la diagnosi molecolare e disegno dei primers. Geni target usati nello sviluppo di saggi diagnostici per i virus, i funghi e i batteri.
Disegno dei primers.
NGS next generation sequencing: utilizzo per la diagnosi dei patogeni

ESERCITAZIONI: Attraverso l'esposizione di casi pratici, affrontati nel corso di escursioni in campo, verranno analizzati gli elementi che determinano le scelte praticate nel processo diagnostico e nella formulazione del referto.
Saranno effettuate prove di laboratorio (ELISA, PCR) per determinare la presenza di patogeni in campioni vegetali