Filogenesi molecolare ed evoluzione

Filogenesi molecolare:

1) L'importanza della filogenesi molecolare nello studio delle relazioni evolutive tra organismi.
2) Concetti di Omologia, Ortologia e Paralogia. Il destino dei geni duplicati. Il ruolo della duplicazione genica nella generazione di novità evolutive.
3) Le modalità della selezione naturale sulle sequenze molecolari, l'impatto del codice genetico, la teoria neutra, gli orologi molecolari.
4) Alberi filogenetici, terminologia, formati dei dati, interpretazione. Alberi radicati e non radicati, outgroup.
5) Allineamento di sequenze omologhe: omologia posizionale, allineamenti di punteggio. Allineamento globale vs locale. Allineamento a coppie e multiplo.
6) Ricerche in database sulla base dell'omologia di sequenza. BLAST, i suoi punti di forza e di debolezza. Il formato dati FASTA.
7) Strumenti comuni per l'allineamento di sequenze multiple (clustal, muscle), allineamento di sequenze codificanti/allineamento di codoni. Mascheramento dell'allineamento della sequenza
8) Saturazione delle sostituzioni, modelli dei processi di sostituzione e correzione delle stime di distanza genetica.
9) Strategie di base di clustering basate sulla distanza (UPGMA, Neighbor Joining).
10) Massima parsimonia e sua applicazione alla filogenesi
11) Approcci probabilistici (Likelihood/filogenesi Bayesiana)
12) Il bootstrap
13) Valutazione critica delle ipotesi filogenetiche.

Evoluzione biologica
1) Argomenti selezionati della storia della biologia evolutiva.
2) Selezione naturale.
3) Gerarchie e bersagli della selezione naturale.
4) L'altruismo in biologia: selezione di gruppo e selezione di parentela. Il ruolo della riproduzione sessuale.
5) Plasticità fenotipica, accomodamento fenotipico, accomodamento genetico.
6) Modificazioni epigenetiche ed ereditarietà epigenetica.
7) La teoria della neutralità dell'evoluzione molecolare.
8) Equilibri punteggiati.